由于采用了超声波指纹识别方案，不同于主流的电容式指纹识别，因此上市后有用户反应指纹识别存在识别率过低的情况。部分用户表示，采用一种特定的方式录入即可大幅提高识别率，也有用户表示官方在后期的系统更新中，提升了指纹识别率。

有些用户抱怨MIUI官方对于小米5s的CPU调度调校较差，容易发热且耗电快。[2][3]

由于MIUI官方对于小米手机5s系统更新不重视的情况，一些用户表示极为不满。作为前代手机的小米手機5，适配了基于Android Oreo的MIUI10系统，作为第二批更新的机器，却依然使用了基于Android Nougat的MIUI10系统。甚至有些用户怀疑机器是由ODM代为生产。MIUI官方表示小米手机5s的超声波指纹模块和小米手机5s Plus的双摄模块的驱动需要和高通共同解决，因此需要时间讨论解决，同时表示小米手机5s为小米自行研发的手机，不是ODM代工产品。[4]

^ 小米5s 参数 - 小米商城. www.mi.com. [2018-07-07]. （原始内容存档于2018-07-07） （中文（中国大陆））.

^ Team, Discuz! Team and Comsenz UI. 小米5s发热严重？_小米手机5s_MIUI论坛. www.miui.com. [2018-07-07]. （原始内容存档于2018-07-07）.

^ Team, Discuz! Team and Comsenz UI. 掉电，发热，_小米手机5s_MIUI论坛. www.miui.com. [2018-07-07]. （原始内容存档于2018-07-07）.

^ Team, Discuz! Team and Comsenz UI. 关于小米手机5s/小米手机5s Plus 升级8.0公告说明_小米手机5s_MIUI论坛. www.miui.com. [2018-07-07]. （原始内容存档于2018-07-07）.